• Regionalismo, liberalismo y rebelión. Copiapó en la Guerra Civil de 1859. Santiago: RIL editores, 2016.
• Ricardo Núñez. Trayectoria de un socialista de nuestros tiempos. Santiago: Ediciones Universidad Finis Terrae, 2013.
• Una experiencia educativa. Sociedad de Instrucción Primaria. 150 años. Santiago: Origo Ediciones, 2010.

• “Las Guerras Civiles en Chile “. En Historia política de Chile, 1810-2010. Tomo 1: Prácticas políticas, editado por Iván Jaksić (ed. general) y Juan Luis Ossa (ed. del tomo). Santiago: Fondo de Cultura Económica/Centro de Estudios de Historia Política-Universidad Adolfo Ibáñez, 2017.
• “Prólogo”. En Epistolario de Manuel Montt (1824-1880), editado por Cristobal García-Huidobro Becerra. Santiago: Centro de Investigaciones Diego Barros Arana, Dirección de Bibliotecas Archivos y Museos, 2016.
• “Jacques Chonchol en la política del siglo XX chileno”. En Jacques Chonchol. Un cristiano revolucionario en la política chilena del siglo XX, editado por Claudio Robles Ortíz. Santiago: Ediciones Universidad Finis Terrae.
• “Army of Chile in the Nineteenth Century”. En Oxford Bibliographies in Latin American Studies, editado por Ben Vinson. New York: Oxford University Press, 2015.
• “La Vida Política”. En Chile (1930-1960). Mirando hacia adentro, Editado por Olga Ulianova. En la colección Chile en la Historia Contemporánea, editada por Joaquín Fermandois. Madrid: Taurus-Fundación Mapfre, 2015.
• “Entre los notables y la ‘gente media’. Una mirada a la composición del movimiento opositor copiapino en la antesala de la Guerra Civil de 1859”. En Conflictos y tensiones en el Chile contemporáneo, editado por Carlos Donoso Rojas y Pablo Rubio Apiolaza, 9-120. Santiago: RIL Editores. Universidad Andrés Bello, 2014.
• “El contexto de la época”. En Club de la Unión. 150 años, editado por Constanza Lopez, Celia Eluchans y Guadalupe Irarrazabal. Santiago: Ediciones Universidad Finis Terrae, 2014.
• Coautoría “La campaña electoral de 1970”. En Chile 1970. El año en que triunfa Salvador Allende, Editado por Pedro Milos. Santiago: Ediciones Alberto Hurtado, 2013
• “Guerra civil y movilización social: el levantamiento del 5 de enero de 1859 en Copiapó, Caldera y Chañarcillo”. En Boletín. IV encuentro de Historia Local “Pueblo Hundido, frontera norte de Chile en el Siglo XIX. Diego de Almagro: DIBAM- Departamento de Cultura y Turismo, Ilustre Municipalidad de Diego de Almagro. 2013.
• “Von der Kollaboration mit dem Staat zum regionalen Protest: Die Junta de Minería von Copiapó und der Ursprung des Bürgerkriegs 1859”. En Regieren an der Peripherie. Amerika zwischen Kolonien und unabhängigen Republiken, editado por Stefan Rinke, Monika Contreras y Lasse Hölck. Stuttgart: Verlag Hans-Dieter Heinz, Akademischer Verlag Stuttgart, 2011.
• “Nacionalistas, antiliberales y reformistas. Las identidades de la militancia ibañista y su trayectoria hacia el populismo”. En Redes políticas y militancias. La historia política está de vuelta, editado por Olga Ulianova, Santiago: IDEA-USACH/ Ariadna Editores, 2009
• “El Ariostazo. La política por otros medios”. En Historias del siglo veinte chileno, editado por Juan Luis Ossa, Andrés Estefane. Nicolás Ocaranza, Cristóbal García-Huidobro, Pablo Moscoso, Joaquín Fernández y Andrés Baeza.  Santiago: Vergara, 2008.
• “Mayo de 1859. La caída de Copiapó y el fin de una revolución”. En Historias del siglo diecinueve chileno, editado por Juan Luís Ossa, Andrés Estefane, Nicolás Ocaranza, Cristóbal García-Huidobro, Pablo Moscoso, Joaquín Fernández y Andrés Baeza.  Santiago: Vergara.
• Coautor. “La elección presidencial de 1920: La rebelión del “Cielito Lindo”. En Camino a La Moneda. Las elecciones presidenciales en la Historia de Chile. 1920-2000. Editado por Ángel Soto y Alejandro San Francisco. Santiago: Instituto de Historia de la Pontificia Universidad Católica de Chile y Centro de Estudios Bicentenario, 2005.

• “Los movimientos nacional populares y sus políticas públicas: Nacionalismo antioligárquico, democratización y antiliberalismo”, Revista de Gestion Publica VII (2) (2018): 223-263.
• “Regionalismo versus centralismo. La formación del Estado en Chile (1810-1850)”, Illes e Imperis 20 (2018): 7-17.
• “El vanguardismo modernizador y sus límites: La Sociedad de Fomento Fabril ante el proyecto económico de Jorge Alessandri, 1958-1962″, Revista de Historia y Geografía 38 (2018): 93-123.
• “Nacionalismo y Marxismo en el Partido Socialista Popular (1948-1957)”, Izquierdas 34 (2017): 26-49.
• “Hacia la constitución de una economía de mercados jerárquicos: Modernización capitalista y tradicionalismo social en los industriales chilenos (1952-1958)”, Amérique Latine Histoire et Mémoire. Les Cahiers ALHIM 32 (2016): 35-50.
• “En lucha contra el ‘pulmón de la conspiración fascista en América Latina’. Los comunistas chilenos ante el proceso político argentino y el Gobierno de la Revolución de Junio (1943-1946)”, Historia 48 (II) (2015): 435-463.
• “Orígenes de un desencuentro: el Partido Comunista de Chile ante el Movimiento Nacionalista Revolucionario y la Dictadura de Villarroel en Bolivia (1943-1946)”, Revista de Historia Social y de las Mentalidades 19 (1) (2015): 9-39.
• “Allende, el allendismo y los partidos: el Frente de Acción Popular ante las elecciones presidenciales de 1958”, Izquierdas 23 (2015): 157-190.
• “Guerra, militarización y caudillismo en el norte chileno: el caso de Copiapó en la Guerra Civil de 1859”, Economía y Política 2 (2) 2015: 41-75.
• “De la colaboración con el Estado a la protesta regionalista: La Junta de Minería de Copiapó. De las reformas borbónicas a la Guerra Civil de 1859”, Revista de Historia y Geografía 31 (2014): 19-46.
• “Populismo, Democracia y Marxismo. El debate de la izquierda chilena y la campaña presidencial de Salvador Allende en 1952”, Finis Terrae. Revista de Humanidades 1 (2013): 41-58.
• “La destitución del Intendente Juan Vicente Mira: un episodio de tensión política en Copiapó en la antesala de La Guerra Civil De 1859”, Boletín Del Museo Regional De Atacama 3 (2012): 41-53.
• “Anticlericalismo, regionalismo y movilización social. El motín antiarzobispal de Copiapó en 1853”, Revista de Historia 18-19 (2008-2009): 197-211.
• “Políticas agrarias en Chile (1932-1958)”, Boletín de la Academia Chilena de la Historia 117 (II) (2008): 407-464.
• “Los Orígenes de la Guardia Nacional y la Construcción del Ciudadano-Soldado. (Chile. 1823-1833), Mapocho. Revista de Humanidades 56 (2004): 313-327.

• Proyecto CAI. Dirección de Investigación y Publicaciones. Universidad Finis Terrae. Los Movimientos Nacional-Populares latinoamericanos en el debate de la izquierda chilena, 1943-1961.    1 año. 2015 . Investigador Responsable.
• Proyecto FONDECYT. CONICYT. El itinerario del proyecto monetarista Chileno, 1952-1975. 3 años. 2015. Coinvestigador.
• Proyecto FONDECYT. CONICYT. N° 1190113. Ruptura, unificación y faccionalismo en la militancia socialista chilena. Partido, juventud, interior y exilio (1971 y 1992). 3 años. 2019. Co investigador.

• Historia de las ideas en Chile y Latinoamérica
• Procesos políticos y movimientos sociales

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